Anno 2201. È passato un mese dalla guerra contro l’impero di cometa. La Yamato fa rotta verso la Terra. Anche la flotta di Gamilas torna casa, ma una brutta sorpresa li attende: una razza aliena sconosciuta minaccia di distruggere Gamilas e Iscandar per impadronirsi delle loro risorse minerarie. Le poche navi di Dessler si schierano a difesa di Starsha contro le preponderanti forze nemiche. E mentre Kodai sta addestrando il nuovo equipaggio della Yamato, dalla Nube di Magellano giunge un S.O.S…